[editar] La lucha armada (1890-1912)

Participó activamente en la Revolución de 1890 y en la de 1893. En la primera era candidato a jefe de policía, en caso de triunfar la revolución; en la segunda organizó, condujo y financió un ejército radical de 8.000 hombres. Fue uno de los fundadores, siguiendo a su tío y a Aristóbulo del Valle, tanto de la Unión Cívica como de la Unión Cívica Radical que serán dirigidas por Leandro Alem.
A pesar del afecto que sentía por su tío, desconfiaba de sus condiciones para el liderazgo, lo que lo llevó a enfrentarse políticamente y a organizar la Unión Cívica Radical de la provincia de Buenos Aires como un partido político autónomo.
Tras el suicidio de su tío Leandro Alem y la muerte de Aristóbulo del Valle, en 1896, Yrigoyen se manifestó en profundo desacuerdo con la orientación acuerdista con el mitrismo que imponía el presidente del Comité Nacional, Bernardo de Irigoyen, como táctica para enfrentar a Roca, cuando éste se encaminaba a su segunda presidencia en 1898. Cuando la Convención Nacional de la UCR sancionó la llamada política de las paralelas para concurrir a elecciones junto con los mitristas, Yrigoyen disolvió el Comité de la UCR de la provincia de Buenos Aires, desbaratando la estrategia de los bernardistas. Desde entonces, el radicalismo entraría en un estado de desorganización hasta la reorganización partidaria de 1904.
En 1903 Yrigoyen comenzó la reorganización institucional de la UCR, y encabezó y financió con su propio dinero la Revolución de 1905, que resultó un fracaso. Sin embargo, tanto el convencimiento de que debía eliminarse abusos, como el miedo a un nuevo levantamiento armado de Yrigoyen, llevó a su amigo y presidente de la Nación, Roque Sáenz Peña a sancionar la Ley del Voto Secreto en 1912, más conocida como Ley Sáenz Peña que lo llevaría a la presidencia en 1916.